
figure(20)
ENDE=nuFRET(1,target).A_bleached;
mu1=TwoState111HMMSDE.mu(1,1);
mu2=TwoState111HMMSDE.mu(1,2);
subplot(3,1,1);hold on;
plot(nuFRET(1,target).eff20(1:ENDE))
plot(nuFRET(1,target).possibleViterbis(1:ENDE))
hold off;
subplot(3,1,2); hold on ;
plot(nuFRET(1,target).eff20(1:ENDE))
plot(TwoState111HMMG.viterbi)
hold off;
subplot(3,1,3); hold on
plot(nuFRET(1,target).eff20(1:ENDE))
plot(TwoState111HMMSDE.viterbi)
plot([0,ENDE/2],[mu1,mu1])
plot([ENDE/2,ENDE],[mu2,mu2])
hold off;

for i=1:12
d(i,1)=cursor_info5(1,i).DataIndex
end
for i=1:12
nuFRET(1,111).possibleViterbis(d(i),2)=1
end
for i=1:12
nuFRET(1,111).possibleViterbis(d(i),2)=1
end
for i=1:12
nuFRET(1,111).possibleViterbis(d(i),2)=1
end

figure(24)
target=111
ENDE=nuFRET(1,target).A_bleached;
mu1=ThreeState111HMMSDE.mu(1,1);
mu2=ThreeState111HMMSDE.mu(1,2);
mu3=ThreeState111HMMSDE.mu(1,3);
subplot(3,1,1);hold on;
plot(nuFRET(1,target).eff20(1:ENDE))
plot(nuFRET(1,target).possibleViterbis(1:ENDE,2))
hold off;
subplot(3,1,2); hold on ;
plot(nuFRET(1,target).eff20(1:ENDE))
plot(ThreeState111HMMG.viterbi)
hold off;
subplot(3,1,3); hold on
plot(nuFRET(1,target).eff20(1:ENDE))
plot(ThreeState111HMMSDE.viterbi)
plot([0,ENDE/3],[mu1,mu1])
plot([ENDE/3,2*ENDE/3],[mu2,mu2])
plot([ENDE*2/3,ENDE],[mu3,mu3])
hold off;

figure; stairs (nuFRET(1,111).eff20(1:44981,1), 'DisplayName', 'nuFRET(1,111).eff20(1:44981,1)'); figure(gcf)
figure; stairs (nuFRET(1,111).eff100(1:44901,1), 'DisplayName', 'nuFRET(1,111).eff100(1:44901,1)'); figure(gcf)

ThreeState111HMMSDEtw50=EstimateSDE(nuFRET(1,target).eff50(1:ENDE),3,nuFRET(1,target).possibleViterbis(:,2),150);
ThreeState111HMMGtw50=EstimateHMMG(nuFRET(1,target).eff50(1:ENDE),3,nuFRET(1,target).possibleViterbis(:,2),150);
ThreeState111HMMSDEtw10=EstimateSDE(nuFRET(1,target).eff10(1:ENDE),3,nuFRET(1,target).possibleViterbis(:,2),150);
ThreeState111HMMGtw10=EstimateHMMG(nuFRET(1,target).eff10(1:ENDE),3,nuFRET(1,target).possibleViterbis(:,2),150);
l